Diseño de primers para la identificación molecular de astrovirus en conejos

Abstract

La economía de la cunicultura se ve afectada por diversos agentes patógenos que ocasionan a los animales enfermedades y muerte. Sin embargo son escasos los estudios que existen sobre esta especie. De las patologías con más incidencia son aquellas donde los conejos presentan signología entérica como los son: diarrea, distención abdominal e impactación cecal, ocupando Astrovirus el tercer lugar en las causas de gastroenteritis de origen vírico. El diagnóstico molecular es una prueba que logra la identificación de Astrovirus, de manera específica ya que se basa en la extracción del material genético del virus sin que hibride en otro sitio o con cualquier otro agente patógeno. Para lograr el diagnóstico exitoso por PCR, es necesario que el diseño de los primers o cebadores para amplificar las regiones diana sean sumamente específicos, considerándose lo más relevante de la técnica. En el presente trabajo por medio de técnicas de Bioinformática se diseñaron siete pares de primers para la amplificación de la región ORF1a, ORF1b y ORF2 que comprenden el genoma completo de Astrovirus en conejos que mide 6678 nucleótidos, se comprobó su especificidad obteniendo un 100% al no hibridar con: 9,986 secuencias reportadas para el genoma de conejo,1,295,078 secuencias para protozoarios, 439,488 secuencias para virus RNA cadena sencilla y 1,100,087 secuencias para bacterias, confrontando con un total de 2,844,639 de secuencias a nivel mundial.