En México se siembran 7.4 millones de hectáreas con maíz, cerca de 80% de esta superficie es de temporal, en el estado de Morelos se siembran aproximadamente 26 000 ha y se emplea predominantemente semilla de maíces nativos. Los objetivos planteados en el presente estudio fueron: evaluar el nivel de variación morfológica entre poblaciones nativas maíz y sus cruzas dialélicas y comparar la similitud morfológica de las poblaciones nativas con la similitud de sus cruzas. El germoplasma se constituyó por siete poblaciones nativas de maíz de diferente origen geográfico, sus 21 cruzas dialélicas y tres testigos. Los 31 genotipos de maíz se evaluaron en tres ambientes del estado de Morelos (Ayala-otoño-invierno 2012-2013, Ayala-primavera-verano 2013 y Tepalcingo- primavera-verano 2013). El diseño experimental en los tres ambientes fue bloques completos al azar con tres repeticiones. Se midieron 13 variables las que se sometieron a análisis de varianza combinado, comparación de medias DMS 0.05 , a un análisis de componentes principales y de grupos. Se detectó un alto grado de variabilidad genética inter-poblacional y las cruzas mostraron mayor varianza genética y fenotípica que las poblaciones progenitoras. Se identificaron cinco componentes principales, los que explicaron 91.2 y 83% de la variación fenotípica total, para poblaciones y cruzas, respectivamente. El análisis de grupos reveló el alto grado de divergencia genética entre las poblaciones nativas, al ubicar en diferente grupo a cinco de las siete poblaciones nativas, las cruzas RAT × MOR (C 47 ) y CAB × MOR (C 17 ) mostraron la mayor disimilitud fenotípica.