IDENTIFICACIÓN DEL MICROBIOMA DEL CAFÉ DE ESPECIALIDAD DEL ESTADO DE MÉXICO

Abstract

El microbioma ambiental del café permite comprender las interacciones ecológicas entre suelo, raíz, fruto y agua, así como su participación potencial en procesos como el reciclaje de nutrientes, la interacción planta-microorganismo y la disponibilidad de microorganismos durante etapas postcosecha. El objetivo de este estudio fue caracterizar la composición, diversidad y estructura ecológica de comunidades bacterianas y fúngicas asociadas con café de especialidad (Coffea arabica L.) producido en el Estado de México, a fin de identificar reservorios microbianos y discutir su potencial relación con procesos de fermentación y calidad del café con base en literatura especializada. Se recolectaron muestras de suelo, raíz, fruto y agua en una finca cafetalera de Temascaltepec, Estado de México. La caracterización microbiana se realizó mediante secuenciación de los marcadores 16S rRNA e ITS y análisis bioinformáticos en QIIME2 utilizando las bases de datos SILVA y UNITE. Los resultados mostraron una estructuración microbiana diferenciada según la matriz. En bacterias, se identificó un núcleo compartido entre suelo, raíz y agua, con diferencias significativas en diversidad beta. En hongos, el suelo presentó mayor riqueza y diversidad, mientras que la raíz mostró un efecto de selección más restrictivo. En conclusión, el sistema cafetalero alberga un microbioma ambiental diverso y ecológicamente diferenciado, donde el suelo actúa como principal reservorio microbiano y la raíz como nicho de selección. Estos resultados constituyen una línea base para futuras investigaciones que integren análisis sensoriales, fisicoquímicos, metabolómicos o ensayos de fermentación dirigida para evaluar con mayor precisión la contribución de la microbiota local a la calidad del café.